Всё дело в empty-line перед/после эпиграфов и перед каждой вложенной секцией.
Плюс в послесловии неправильно вложена секция. Сразу после title "Послесловие" нужно вложить секцию, которая будет без названия, тогда вторая будет называться "Генетики, «заигравшиеся в богов»".

Попробуйте убрать все указанные пустые строки и исправить Послесловие. Всё должно получиться.
Я бы изменила ещё ссылки в библиографии, сделала бы их некликабельными (Ctrl+U).

Кроме того, настоятельно рекомендую Вам воспользоваться скриптами. Как минимум "Заголовки, подзаголовки", "Генеральная уборка", "Кавычки" (у Вас они непарные, в одном месте склеены со следующим словом и есть несколько лишних).

Ну это… Ну это что-то с чем-то.

Зачем Вам ОО, если Вы им не пользуетесь? Чтобы было, на кого свалить вину за плохо сделанную работу? Кондратовича на Вас нету…

Первое, и самое главное, - ознакомьтесь, что же это такое - fb2. Без этого ни один инструмент у Вас работать не будет.

Второе - выбросьте деинсталлируйте эти Ваши FB Writer 1, FB Writer 2 и BookDesigner 4.0. После них будет только хуже. Проверено неоднократно.

Третье: набор инструментов - Open Office с ooofbtools (последний, кстати, нужно брать не с сайта Open Office, а только с собственного), хороший текстовый редактор (например, notepad-plus-plus) и валидатор. Можете взять еще и FB Editor 2.0, НО, во-первых, там нужно исправить ошибку, а во-вторых - скрипты применять с осторожностью, обязательно сохранять файл до и проверять его после, при необходимости откатывая изменения.

Четвертое, общее: псевдо-визуальное форматирование из вордовских файлов нужно выбрасывать еще в Open Office и ooofbtools, заменяя его на структурное - они для того и созданы. Перед использованием - прочесть мануал для ooofbtools, он идет в архиве вместе с плагином. Дальше, в меню ooofbtools есть прекрасный пункт - "Корректор текста". Пользуйтесь им с умом, отмечая только те элементы, которые необходимо скорректировать - и счастье будет, его ведь не может не быть. Разумеется, перед эти нужно просмотреть исходный текст.

Посмотреть номер новой книги, открыть страничку старой, нажмать "исправить", внизу щелкнуть ссылку "объединить с другой книгой", указать ID новой книги, на открывшейся страничке выбрать нужную и щелкнуть снизу по "оставить эту".
Здесь я уже сделал эту операцию сгоряча.