С бумажными все просто.
Тупо ставлю по алфавиту, по фамилии автора. Другие признаки - жанр, поджанр, направление, объем - и так всегда видно, по обложке.

Нужно как-то сортировать файлы.
Сейчас храню их более-менее по глобальным жанрам - фантастика, проза, научпоп, критика.

Была мысль - написать тупейший скрипт на баше. Скрипт будет бегать по директориям, записывать данные - название книги, автора и объем. Полученные данные скрипт запихнет в html или xml. Далее я в этом же самом файле руками присваиваю книгам метки, добавляю короткие комментарии.
На следующем этапе вся эта база с метками и комментариями должна научиться сортироваться по разным признакам - последнее открытое, по тагам.

В общем, ничего грандиозного.

С другой стороны, может, что-то такое уже есть? Если бы это "что-то" еще бы поддерживалось на LBook V3 - счастью моему не было бы пределов.